O CEDECA Ceará surge, cerca de quatro anos depois da promulgação do Estatuto da Criança e do Adolescente (Lei 8.069/1990), a partir da articulação das organizações que atuavam junto a crianças e adolescentes na cidade de Fortaleza, tendo em vista a necessidade latente da existência de um centro de defesa de direitos humanos com enfoque nesse segmento social. À época, os direitos infanto-juvenis, consolidados na nova lei que substituiu o Código de Menores (Lei 6.697/1979), eram praticamente desconhecidos e vários órgãos instituídos pelo Estatuto sequer haviam sido implantados. A violência institucional contra crianças e adolescente, sobretudo aqueles que se encontravam em situação de rua, era uma das questões que mais afligia as entidades que atuavam junto a esse público. Nesse contexto, casos de violência policial foram os primeiros que bateram à porta da organização, juntamente com violações ao direito à educação e à saúde.

Desde a sua fundação, o CEDECA Ceará tem como missão a defesa dos direitos de crianças e adolescente, especialmente quando violados por ação ou omissão do poder público, visando o exercício integral e universal dos direitos humanos. Esse corte de atuação demarca uma das principais características deste centro de defesa, que é a de compreender o seu papel como parte integrante da sociedade civil organizada, um agente de controle social do Estado e das políticas públicas. Assim, as ações judiciais, majoritariamente, demandam a efetivação desses direitos em face dos poderes públicos, prefeituras e estado. A missão institucional afirma os direitos geracionais como direitos humanos, relacionando-os a uma luta mais ampla e reconhecendo crianças e adolescentes como sujeitos desses direitos. A organização filia-se à concepção do Sistema de Garantia de Direitos, que compreende uma atuação articulada para a promoção, defesa e controle dos direitos infanto-juvenis pelas instâncias públicas governamentais e da sociedade civil.

O CEDECA Ceará, ao longo desses anos, foi experimentando e aprimorando diversas estratégias de atuação na defesa dos direitos infanto-juvenis, a partir do contexto social e do diálogo com aqueles(as) que sofrem essas violações.  À estratégia de proteção jurídica, comum aos centros de defesa, foram sendo agregadas outras, entendidas como necessárias para uma atuação efetiva em prol desses direitos. Mais do que isso, a estratégia jurídica desenvolvida na organização é tributária da Assessoria Jurídica Popular, que compreende o Direito numa perspectiva não tradicional, como um potencial instrumento de transformação social e que tem como base de atuação o tripé: defesa jurídica, educação popular e mobilização social.